ولد روبرت س. مولر الثالث في عائلة مرفهة. تخرج من سانت بول، برينستون وجامعة نيويورك. لكن، على عكس العديد من أبناء المؤسسة الشرقية، انضم إلى مشاة البحرية وذهب إلى الخطوط الأمامية في فيتنام، حيث أدى ببسالة تحت النيران.