Una proteína que estabiliza los mARN supresores de cáncer resulta ser un freno clave en la metástasis del cáncer de mama. Un artículo del Investigador Principal @genophoria y su laboratorio en @ScienceAdvances rastrea el mecanismo hasta la degradación del ARN y una proteína unida al ARN que la mayoría de los estudios han pasado por alto.

La expresión génica en los tumores se atribuye típicamente a cambios genéticos y epigenéticos. Pero cuando el equipo perfiló las tasas de degradación del ARN en seis líneas celulares de cáncer de mama, la transcripción por sí sola dejó una gran parte de la variabilidad de la expresión sin explicar. Esa brecha apuntó a la estabilidad del ARNm.

Para mapear a los reguladores detrás de esto, el equipo desarrolló GreyHound, un modelo de aprendizaje profundo que predice la estabilidad de los transcritos a partir de características de la secuencia de ARN y la expresión de proteínas unidas al ARN (RBP) simultáneamente a través de tipos celulares.

El regulador más predicho fue RBMS3. CLIP-seq confirmó la unión directa en elementos 3'UTR ricos en AUA; los ensayos de reportero mostraron que esos sitios son necesarios y suficientes; SLAM-seq confirmó que el efecto es post-transcripcional, no transcripcional.

Funcionalmente, la pérdida de RBMS3 aumentó la colonización metastásica en los pulmones en dos modelos de xenoinjerto independientes. Una pantalla CRISPRi in vivo identificó luego a TXNIP, un supresor tumoral, como el efector clave. Experimentos de epistasis confirmaron que RBMS3 actúa aguas arriba de TXNIP para suprimir la metástasis.

El laboratorio Goodarzi está contratando a un investigador postdoctoral conjunto. Consulta los roles abiertos en Arc: