Pokémon Winds and Waves oli alun perin suunniteltu sisältämään paljon MMO-tyyppisiä ominaisuuksia. Hotellin aula toimi kuin pseudo-MMO-aula, jossa oli paljon pelaajia, ja ryöstöjä suunniteltiin myös monien pelaajien skaalaamiseksi. Monet näistä konsepteista hylättiin, kun peli muuttui liian kunnianhimoiseksi, ja nyt Game Freak kehittää erillistä monialueista MMORPG:tä niiden käyttöön.