Robert S. Mueller III syntyi etuoikeutetun. Hän valmistui St. Paul'sista, Princetonista ja New Yorkista. Mutta toisin kuin monet itäisen johdon jälkeläiset, hän liittyi merijalkaväkeen ja meni etulinjaan Vietnamiin, missä hän suoriutui urheasti tulituksen alla.