Białko, które stabilizuje mRNA supresorów nowotworowych, okazuje się kluczowym hamulcem w przerzutach raka piersi. Artykuł od głównego badacza @genophoria i laboratorium w @ScienceAdvances śledzi mechanizm związany z degradacją RNA oraz białkiem wiążącym RNA, które zostało pominięte w większości badań.

Ekspresja genów w nowotworach zazwyczaj przypisywana jest zmianom genetycznym i epigenetycznym. Jednak gdy zespół przeanalizował tempo rozpadu RNA w sześciu liniach komórkowych raka piersi, sama transkrypcja pozostawiła dużą część zmienności ekspresji niewyjaśnioną. Ta luka wskazywała na stabilność mRNA.

Aby zmapować regulatorów stojących za tym, zespół opracował GreyHound, model uczenia głębokiego, który jednocześnie przewiduje stabilność transkryptu na podstawie cech sekwencji RNA oraz ekspresji białek wiążących RNA (RBP) w różnych typach komórek.

Najwyżej przewidywany regulator to RBMS3. CLIP-seq potwierdził bezpośrednie wiązanie w elementach 3'UTR bogatych w AUA; testy reporterowe wykazały, że te miejsca są niezbędne i wystarczające; SLAM-seq potwierdził, że efekt jest posttranskrypcyjny, a nie transkrypcyjny.

Funkcjonalnie, utrata RBMS3 zwiększyła przerzuty do płuc w dwóch niezależnych modelach xenograftowych. Następnie w badaniach in vivo z użyciem CRISPRi zidentyfikowano TXNIP, supresor guza, jako kluczowy efektor. Eksperymenty epistatyczne potwierdziły, że RBMS3 działa powyżej TXNIP, aby tłumić przerzuty.

Laboratorium Goodarzi poszukuje wspólnego stypendysty podoktorskiego. Zobacz otwarte stanowiska w Arc: