O proteină care stabilizează ARN-m-urile care suprimă cancerul se dovedește a fi o frână cheie în metastaza cancerului de sân. Un articol publicat de Core Investigator @genophoria and lab din @ScienceAdvances urmărește mecanismul dezintegrării ARN-ului și a unei proteine care leagă ARN-ul pe care majoritatea studiilor le-au trecut cu vederea.

Expresia genică în tumori este de obicei atribuită modificărilor genetice și epigenetice. Dar când echipa a profilat ratele de dezintegrare a ARN-ului pe șase linii celulare de cancer de sân, transcripția singură a lăsat o mare parte din variabilitatea expresiei inexplicabilă. Această diferență indica stabilitatea ARNm.

Pentru a cartografia regulatorii din spatele acesteia, echipa a dezvoltat GreyHound, un model de învățare profundă care prezice stabilitatea transcripțiilor din caracteristicile secvențelor ARN și expresia proteinelor de legare a ARN-ului (RBP) simultan între tipurile celulare.

Principalul regulator prezis era RBMS3. CLIP-seq a confirmat legarea directă la elemente 3'UTR bogate în AUA; Testele reporterilor au arătat că aceste locații sunt necesare și suficiente; SLAM-seq a confirmat că efectul este post-transcripțional, nu transcripțional.

Din punct de vedere funcțional, pierderea RBMS3 a crescut colonizarea pulmonară metastatică în două modele independente de xenogrefă. Un screening CRISPRi in vivo a identificat apoi TXNIP, un supresor tumoral, ca efectuorul principal. Experimentele de epistasie au confirmat că RBMS3 acționează în amonte de TXNIP pentru a suprima metastazele.

Laboratorul Goodarzi angajează un cercetător postdoctoral mixt. Vezi rolurile deschise din Arc: