Белок, который стабилизирует мРНК, подавляющие рак, оказывается ключевым тормозом метастазирования рака груди. Статья от основного исследователя @genophoria и лаборатории в @ScienceAdvances прослеживает механизм до распада РНК и белка, связывающего РНК, который большинство исследований игнорировало.

Экспрессия генов в опухолях обычно связывается с генетическими и эпигенетическими изменениями. Но когда команда проанализировала скорости распада РНК в шести клеточных линиях рака молочной железы, только транскрипция оставила большую часть изменчивости экспрессии необъясненной. Этот разрыв указывает на стабильность мРНК.

Чтобы сопоставить регуляторы, стоящие за этим, команда разработала GreyHound, модель глубокого обучения, которая одновременно предсказывает стабильность транскрипта на основе особенностей РНК последовательности и экспрессии белков, связывающихся с РНК (RBP), в различных типах клеток.

Наиболее предсказуемым регулятором был RBMS3. CLIP-seq подтвердил прямое связывание с элементами 3'UTR, богатыми AUA; репортерные анализы показали, что эти участки необходимы и достаточны; SLAM-seq подтвердил, что эффект является посттранскрипционным, а не транскрипционным.

Функционально, потеря RBMS3 увеличила метастатическую колонизацию легких в двух независимых моделях ксеногратов. Затем in vivo скрининг CRISPRi выявил TXNIP, супрессор опухолей, как ключевой эффектор. Эксперименты по эпистазу подтвердили, что RBMS3 действует выше TXNIP, чтобы подавить метастазирование.

Лаборатория Гударзи нанимает совместного постдокторанта. Смотрите открытые вакансии Arc: